传说此园原为江户时代的豪商、纪伊国屋文左卫门的公馆。其后，享保年间（1716～1736年）成为下总国、关宿的城主久世大河守的别墅，庭园的雏形也由此而形成。
明治11（1878）年岩崎弥太郎将此块园地作为慰劳公司员工和招待贵宾之用，明治13（1880）年“深川亲睦园”正式对外开放。其后庭园的修建工程不断进行，引隅田川的水入池、修筑假山、并将从全国收集的名石布置于四周，将此园修建成为代表明治庭园的“回游式林泉（池）庭园”。
昭和54（1979）年3月31日，被指定为东京都名胜。另外，此园内有由英国建筑家Josiah Conder设计的红瓦洋馆。不幸此馆在大正12（1923）年关东大地震时烧毁。
