江户时代的商人、手工业人文化兴盛的文化・文政时期（1804～1830年），古董商人佐原鞠陨得到平日交往的江户文人墨客的大力协助，以开花的草本花木鉴赏为中心开设了此处花园。所谓百花园，一种说法解释为“四季百花绽放之园”。开园之初，主体为360株梅花。随后，汇集诗经、万叶集等中国・日本古典名作中所咏赞的闻名植物，真正成为一年四季均有鲜花开放的花园。她是唯一留存至现代的江户时代花园。
昭和13（1938）年，为了使之得到永久保存，所有人将其捐赠于东京市，次年14（1939）年由东京市有限制的对外开放。另外，在昭和53（1978）年根据文化财产保护法被指定为国家名胜・史迹。