傳說此園原為江戶時代的豪商、紀伊國屋文左衛門的公館。其後，享保年間（1716～1736年）成為下總國、關宿的城主久世大河守的別墅，庭園的雛形也由此而形成。
明治11（1878）年岩崎彌太郎將此塊園地作為慰勞公司員工和招待貴賓之用，明治13（1880）年“深川親睦園”正式對外開放。其後庭園的修建工程不斷進行，引隅田川的水入池、修築假山、並將從全國收集的名石佈置於四周，將此園修建成為代表明治庭園的“回游式林泉（池）庭園”。
昭和54（1979）年3月31日，被指定為東京都名勝。另外，此園內有由英國建築家Josiah Conder設計的紅瓦洋館。不幸此館在大正12（1923）年關東大地震時燒毀。
